Прошло десять лет с того момента, как Сузухара Мисаки победила в соревнованиях и встретилась со своей мамой. С тех пор многое изменилось. Получив титул чемпиона Мисаки вместе с Хикару продолжает сражаться на арене. Теперь она сменила свою мать на месте сильнейшего игрока и стала чемпионом Angelic layer. Пост главы Арены ангелов вместо Ит-тяна, занял его младший брат. В самой игре тоже произошли некоторые изменения. Была введена система баллов, по которой за каждую победу деусу начислялось некоторое количество очков. За них можно преобрести разные детали и запчасти для своих ангелов, или в специальном магазине улучшить его характеристики. Сейчас все игроки мира съезжаются в Токио. Намечается новый международный чемпионат. Участники всеми силами пытаются улучшить свои навыки для победы в чемпионате. Но требуется не только сила и ловкость ангела, так же огромную роль играет личные качества деуса: его талант, способность прощитывать ходы соперника и чувствовать своего ангела.

Ангелы - это куклы, которыми управляют деусы. Деусы управляют ангелами с помощью специальных шлемов в форме небольших крыльев. Ангелы бываю двух типов: силовые и скоростные. Особенностью ангелов силового типа являются мощьные удары и высокая жизнеспособность. Скоростные ангелы отличаются ловкостью, быстротой ударов и высокой скоростью. Ангелы могут двигаться только в пределах боевой арены.